作为1949年后台湾建立的第一座博物馆，历史博物馆曾经独享尊荣。蒋介石拨交为他祝寿的礼品270多件，社会各界踊跃捐赠各自的收藏，第一任馆长包遵彭称历史博物馆是社会爱护扶持的产物。同时，史博馆也居于文化艺术活动的引领地位，致力于台湾上个世纪五六十年代文化艺术的普及活动，开办画廊，鼓励艺术创作；设置“历史研究室”，辅助学校历史考古课程和研究；1964年推动成立博物馆学会，至今仍然主持博物馆馆长论坛。1965年，在现址建成新馆。新址为纪念孙中山先生百岁诞辰，命名为中山博物院。后“中央博物院”归并台北故宫博物院后，台北故宫博物院全部文物由台中运至台北中山博物院，以此作为院址，1965年11月12日正式开放。至此，运台文物才得到一个适当的保存环境。

　　进入20世纪80年代，台湾博物馆业迅速发展，各主题博物馆突出特色，吸引人们的视线。史博馆没有固步自封落后于时代，其品位和实力仍稳居前列。上世纪80年代末，台湾当局开放老兵赴大陆探亲，史博馆适时推出大陆探亲摄影展，轰动全岛。随着两岸交流的深入，又陆继推出林风眠九十回顾展、李可染书画展、傅抱石画展。

　　在台湾故宫博物院收藏的珍品中，有甲骨档案2万多片，该院收藏的甲骨档案数量列世界甲骨收藏机构的第二位；瓷器2万多件，包括原始陶器到明清瓷器，该院的中国古代瓷器是全，世界各博物馆中最精、最多的；铜器1万多件，包括历代钱币，其中有商周到春秋战国时期的青铜器4300多件，如商代蟠龙纹盘、兽面纹壶、西周毛公鼎、战国牺尊等；玉器5万多件，其中有著名的新石器时代的玉璧、玉圭、玉璜以及闻名海内外的清代玉雕“翠玉白菜”、“避邪雕刻”、“三镶玉如意”等；书画真迹近1万件，其中有从唐至清历代名家的代表作，如三稀之一的王羲之《快雪时晴帖》，黄公望的《富春山居图》后部长卷，怀素的《自叙帖》，颜真卿的《刘中使帖》，苏东坡的《寒食帖》等；善本古籍有近2万册，包括中国仅有四部的《四库全书》较完整的一部；明清档案文献近40万件，其中有清朝历代皇帝（石＋朱）批奏折、军机处档案、清史馆档、实录、起居注等，以及世界罕见的满文老档40巨册。